شیخ صدوق این عالم بزرگ و محدث گران قدر تألیفات با ارزش بسیاری از خود به جا گذاشت. شیخ طوسی در این باره می نویسد: « او سیصد کتاب تألیف کرده است» کتاب های شیخ صدوق همه در نهایت نیکویی و استحکام و در زمینه های متنوعی نوشته شده اند، که این خود نشانگر قدرت علمی و آشنایی گسترده او با علوم اسلامی است. برخی از مهمترین آثار ایشان عبارتند از:

1- من لا یحضره الفقیه (دومین کتاب از کتب اربعه)

2- علل الشرایع (درباره فلسفه احکام و علت تشریع آن‌ها است)

3- کمال الدین و تمام النعمه (درباره اثبات وجود امام زمان و غیبت طولانی آن حضرت از نظر عقلی و نقلی)

4- کتاب التوحید

5- الخصال

6- الامالی

7- عیون الاخبار الرضا

8- کتاب صفات شیعه

9- کتاب مصادقه الاخوان

10- کتاب اثبات ولایت علی علیه‌السلام

11- کتاب معرفت

12- کتاب مدینه العلم

13- کتاب مقنع در فقه

14- کتاب معانی الاخبار

15- کتاب مشیخته الفقیه

مشهورترین و بزرگترین کتاب صدوق - پس از مدینه العلم - همین کتاب است که یکی از (کتب اربعه) روایی شیعه به شمار می رود.این کتاب در بردارنده نزدیک به شش هزار حدیث می باشد که بر اساس ‍ موضوعات مختلف فقهی تدوین شده است .سبب نگارش این کتاب حکایتی زیبا و شنیدنی دارد که وی خود آن حکایت را در مقدمه کتاب آورده است .

ایشان در آنجا ضمن ذکر آن حکایت چنین نوشته :

من نخواستم مانند سایر مصنفان روایاتی را که در هر موضوع رسیده است ثبت کنم بلکه در این کتاب روایاتی را آورده ام که بر اساس آن فتوا می دهم و آنها را صحیح می دانم و معتقد به صحت آنها می باشم و میان من و پروردگار حجت است .

مرحوم مامقانی به نقل از علامه طباطبایی (بحر العلوم ) می نویسد:

(برخی از اصحاب روایات کتاب (الفقیه) را بر سایر کتب اربعه به چند دلیل ترجیح می دادند:

برخورداری مؤ لف از حافظه ای قوی که سبب ضبط بهتر روایات می باشد.

استواری وی در نقل روایات .

متاءخر بودن کتاب (من لایحضره الفقیه ) از کافی .

صدوق صحت آنچه بر او در این کتاب آورده خود ضمانت کرده است .

هدفش تنها نقل روایت نبوده بلکه به اظهار خود مطابق آنچه نقل کرده فتوا داده است.

مهمترین کتاب شیخ صدوق که خود نیز از آن یاد کرده و تا زمان پدر شیخ بهایی مورد استفاده عالمان مورد استفاده عالمان دینی بوده کتاب (کتاب العلم ) است که مفقود گشته است و با کمال تاءسف به دست کار نرسیده است .

بنا به نوشته ابن شهر آشوب در کتاب معالم العلماء کتاب مدینة العلم ده جلدی و من لا یحضره الفقیه چهار جلدی است و از این نوشته معلوم می شود که مدینة العلوم بیش از دو برابر من لا یحضره الفقیه بوده است .

شیخ طوسی ، شیخ منتجب الدین و دیگران از این کتاب به عنوان یکی از مهمترین تاءلیفات صدوق یاد کرده اند و بسیاری از بزرگان دین از کتاب مدینة العلوم روایت کرده اند.

صاحب روضات الجنات می نویسد:

بعد از زمان علامه و شهدین ، دیگر هیچ اثری از کتاب مدینة العلم دین و شنیده نشده است ولی بنا به نوشته برخی دیگر ، معتقدند این کتاب تا عصر پدر شیخ بهایی نیز موجود بوده و ایشان نسخه ای از آن را داشته است.

شیخ حسین بن عبدالصمد حارثی (پدر شیخ بهاء الدین عاملی ) در کتاب درایه اش نوشته است : پایه ها و اصول معتبر حدیث ما پنج کتاب است : کافی ، مدینة العلم ، من لا یحضره الفقیه ، تهذیب و استبصار.

عالمه مجلسی و پس از وی سید محمد باقر جیلانی (سید شفتی ) تلاشها و اموال زیادی صرف یافتن این کتاب کردند ولی اثری از آن به دست نیاوردند